As pesquisas direcionadas são desenvolvidas em URTPs (Unidade de Referência Tecnológica e de Pesquisa) e UDs (Unidades Demonstrativas). Englobam 12 pesquisas com suas devidas particularidades e são realizadas em diferentes unidades da Embrapa. Em síntese, tais pesquisas têm como finalidade entender e melhorar o sistema ILPF; desenvolver estudos de avaliação econômica oriundo da sua implementação; avaliar os choques de oferta e demanda sobre mudanças na intensificação da agricultura; entre outras atividades. Todas as pesquisas visam cooperar com os objetivos de desenvolvimento de práticas agrícolas de baixa emissão de carbono e desmatamento evitado para a redução da pobreza no Brasil.
Goiás
Centro de Referência de Biogás e Biofertilizante para Produção Sustentável: Biomassa, Dejetos Animais e Resíduos Agroindustriais 
Diagnóstico e monitoramento de serviços ecossistêmicos do bioma Cerrado no norte de Goiás como apoio à agricultura familiar 
Avaliação da Sustentabilidade Hidro-ambiental e Socioeconômica da Restauração de Pastagens na Região da APA das Nascentes do Rio Vermelho–GO. 
Quais impactos do sistema ILPF no solo e no fluxo de gases de efeito estufa, frente a outros usos e ocupações do solo em três regiões de Goiás? 
O pequeno produtor rural 4.0: tecnologias, formação, conservação e consumo sustentável no nordeste goiano. 
Validação de modelos para análise de oportunidades de mitigação da emissão de gases de efeito estufa em sistemas de intensificação pecuária no Cerrado
A abordagem Nexus na Integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF): Uma questão de segurança alimentar, hídrica e energética.
Minas Gerais
Análise técnica e econômica de cultivos agrícolas em sistemas integrados com Macaúba
Inovação e otimização da análise de solos, plantas, alimentos e insumos: uma contribuição para o uso sustentável do Cerrado e segurança alimentar
Biodiagnóstico de solos sob pastagens em sistema de produção orgânica e bioprospecção e desenvolvimento de bioinoculantes para forrageiras no Cerrado. 
Árvores frutíferas do Cerrado
Recuperação de pastagens degradadas em sistemas ILPF, no bioma Cerrado, intensificando o desempenho forrageiro, animal e florestal.
A abordagem Nexus na Integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF): Uma questão de segurança alimentar, hídrica e energética.
Mato Grosso do Sul
Estequiometria da matéria orgânica do solo e dos resíduos vegetais como estratégia para potencializar o incremento do carbono nos solos agrícolas 
Monitoramento da expansão dos sistemas de integração lavoura-pecuária no Estado de Mato Grosso do Sul
A abordagem Nexus na Integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF): Uma questão de segurança alimentar, hídrica e energética. 
Comparativo de sistemas de cultivo em diferentes regiões de Mato Grosso do Sul. 
Estudo ecológico, etnobotânico e sócio econômico de Dypteryx alata Vog. (Baru) em Nioaque, MS.
Mato Grosso
Intensificação sustentável em solos arenosos com Sistemas Integrados de Produção Agropecuária (SIPA) no Cerrado.
Qualidade do solo em áreas de sistemas integrados no Cerrado Mato-grossense 
Integração pecuária -floresta como forma de garantir sustentabilidade nos municípios da bacia leiteira da mesorregião sudeste do estado de Mato Grosso. 
Aplicação de Modelagem Computacional e Sensoriamento Remoto no Desenvolvimento e Avaliação de Agroecossistemas Sustentáveis no Cerrado. 
Pecuária-Cum-Baru: Sistemas Silvipastoris com Árvores Nativas no Cerrado. 
Intensificação, Diversificação e Inovação agropecuária no cerrado brasileiro: modelos e cenários para 2030
A abordagem Nexus na Integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF): Uma questão de segurança alimentar, hídrica e energética. As pesquisas direcionadas são desenvolvidas em URTPs (Unidade de Referência Tecnológica e de Pesquisa) e UDs (Unidades Demonstrativas). Englobam 12 pesquisas com suas devidas particularidades e são realizadas em diferentes unidades da Embrapa. Em síntese, tais pesquisas têm como finalidade entender e melhorar o sistema ILPF; desenvolver estudos de avaliação econômica oriundo da sua implementação; avaliar os choques de oferta e demanda sobre mudanças na intensificação da agricultura; entre outras atividades. Todas as pesquisas visam cooperar com os objetivos de desenvolvimento de práticas agrícolas de baixa emissão de carbono e desmatamento evitado para a redução da pobreza no Brasil.
IOT Internet das Coisas
Aplicação da Internet das coisas (IoT) no contexto da integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF)
Avaliação Econômica
Respostas endógenas na agricultura brasileira e global a choques de oferta e de demanda e impactos regionais da intensificação sustentável. 
Avaliação econômica das Unidades Demonstrativas (UDs) do Projeto Rural Sustentável – Cerrado
Nexus/MRV
Desenvolvimento e validação de um sistema de mensuração, relato e verificação (MRV) para a agropecuária de baixa emissão de carbono (ABC) aplicado ao Projeto Rural Sustentável – Cerrado.
A abordagem Nexus na Integração lavoura-pecuária-floresta (ILPF): Uma questão de segurança alimentar, hídrica e energética.
Desmatamento Evitado
Estimativa de desmatamento evitado e quantificação de serviços ecossistêmicos em municípios do bioma Cerrado.
Sistemas de Produção/ URTP
Potencialidades de sistemas ILPF para alavancar a agropecuária em regiões do Cerrado com limitações edafoclimáticas. 
Tecnologias em Sistemas de Integração Lavoura-Pecuária-Floresta para a intensificação sustentável. 
A pesquisa realiza uma série de atividades na área de transição entre os biomas Cerrado e Amazônia. Com ações desenvolvidas nas regiões norte, oeste e sudeste do estado do Mato Grosso, o foco tem sido o estoque de carbono e as mitigações de óxido nitroso, dados escassos na região. Por essas avaliações serem inéditas, elas irão permitir avanços importantes no conhecimento do papel de sistemas ILPF na sustentabilidade e mitigação às mudanças do clima no estado de MT. 
Goiás ABCNet – Tecnologias para maximizar o sequestro de carbono
e produtividade em sistemas de integração lavoura-pecuária-floresta em Goiás
Monitoramento de sistemas integrados de produção por meio de atributos de solo, plantas e ambientais em modelos físicos de longa duração 
URTPs em Mato Grosso do Sul: experimentos de longa duração contribuindo para validação e transferência
de tecnologias em ILP e ILPF 
Desenvolvimento e adaptação de sistemas ILPF visando à intensificação sustentável da agropecuária no Cerrado. 